عمل الدراسات الخاصة ببيان الإعجاز القرآني في ضوء المعرفة الحديثة والتقدم العلمي الحديث.
جمع المعلومات حول القرآن الكريم من بحوث ومقالات، وتقارير وندوات ومؤتمرات، ووثائق ومخطوطات، وفهارس وترجمات وأعلام، وتكوين شعبة للمعلومات القرآنية.
إعداد المادة الصالحة للتعريف بالقرآن الكريم في أسلوب عصري يُراعى فيه حسن العرض والإيجاز وجمال الإخراج؛ لتعريف المسلمين وغير المسلمين بالمفاهيم القرآنية.
دراسة آراء المستشرقين حول القرآن الكريم دراسة نقدية، تهتم ببيان أخطائهم وشبهاتهم وتفنيدها.
إعداد مجموعة مختارة من الباحثين المتخصصين في الدراسات القرآنية وتأهيلهم لغويًّا وعلميًّا، وذلك لتكوين قاعدة علمية إسلامية لخدمة بحوث القرآن الكريم.
عقد المؤتمرات والندوات والدورات العلمية في علوم القرآن الكريم لخدمة أهداف المركز.
وللمركز مجلس علمي يشرف على أعماله العلمية، ويقوم بوضع الخطط، والبرامج والمشروعات العلمية، وتلقِّي المقترحات وإصدار التوصيات بشأنها وغيرها من المهام.
ويتكون من الوحدات البحثية التالية:
وحدة الدراسات اللغوية والأعمال المرجعية.
وحدة دائرة المعارف القرآنية.
وحدة دائرة المعارف الإسلامية.
وحدة بحوث التفسير.
وحدة تحقيق التراث.
وحدة الدراسات القرآنية عند المستشرقين.
كما أن له هياكله العلمية والإدارية المختلفة التي تساعد على تحقيق أهدافه، وبنيت فيه مكتبة متخصصة زُوِّدت بأمهات المصادر في القرآن الكريم وعلومه، ويسعى إلى تأسيس مكتبات نوعية متخصصة، تقوم على خدمة الوحدات البحثية، وتأسيس وحدة معلومات تجمع كل ما يتعلق بالقرآن الكريم.
ويعكف المركز في الوقت الحالي على إصدار " فهرست مصنفات تفسير القرآن الكريم"، الذي سيظهر قريبًا إن شاء الله تعالى، كما يعكف على تحقيق كتاب " الإتقان " للسيوطي .
كما أنه أسهم إسهامًا فاعلا في إصدار "التفسير الميسَّر"، وهو أحدث عمل صدر من المجمع، اشترك في إعداده عدد من العلماء بإشراف ومتابعة معالي الأستاذ الدكتور عبدالله بن عبدالمحسن التركي وزير الشؤون الإسلامية والأوقاف والدعوة والإرشاد المشرف العام على المجمع سابقًا ، وقد روعي في إعداده الضوابط التالية:
1. تقديم ما صح من التفسير بالمأثور عن غيره.
2. الاقتصار في النقل على القول الصحيح، أو الأرجح.
3. إبراز الهداية القرآنية، ومقاصد الشريعة الإسلامية من خلال التفسير.
4. كون العبارة مختصرة سهلة، مع بيان معاني الألفاظ الغريبة أثناء التفسير.
5. كون التفسير بالقدْر الذي تتسع له حاشية ((مصحف المدينة النبوية )).
6. وقوف المفسر على المعنى المساوي، وتجنب الزيادة الواردة في آيات أخرى حتى تفسر في موضعها.
7. إيراد معنى الآية مباشرة دون حاجة إلى الأخبار إلا ما دعت إليه الضرورة.
8. كون التفسير وفق رواية حفص عن عاصم.
9. تجنب ذكر القراءات ومسائل النحو والإعراب.